Развитие событий в данном мультфильме происходит в, относительно, недалеком будущем. История, представленная в аниме «Песня насекомых» расскажет о том, как уже более десятка лет планетой Земля заправляют необычные опасные существа Муши похожие на насекомых. Случилось это потому, что люди стремительно пытались внедрить в повседневную жизнь человечества квантовые компьютеры и нанотехнологии. В итоге довольно привлекательные перспективы обернулись для людей не во благо, как полагалось, а наоборот.
Это привело к появлению тех самых ужасных монстров Муши, напоминающих пауков, которые воруют у людей их заветные желания и мечты. Украденное Муши обменивают на сверхъестественные способности, с помощью которых им удается контролировать все человечество.
Главным героем является борец за свободу Дайсуке – охотник на Муши. В одном из сражений с паукообразными монстрами он знакомится с загадочной девушкой Шиитой, у которой имеется способность призывать снежинки и захватывать таким образом власть над противником. Спасая жизнь девушке Дайсуке даже не подозревал, чем это обернется для него самого и для всего человечества.